Bygging Borgarholtsskóla hófst árið 1995 og hvíldi framkvæmdin á samningi milli ríkis, Reykjavíkurborgar og Mosfellsbæjar. Efnt var til samkeppni um hönnun hússins. Tilboð Arkitektastofu Finns og Hilmars og Verkfræðistofu Stefáns Ólafssonar reyndust hagstæðust. Skólahúsið var byggt í áföngum og skiptist í tvö verknámshús, þriggja hæða bóknámshús og þriggja hæða stjórnunarálmu fyrir skrifstofu, bókasafn og matsal. Starfsemi skólans hófst haustið 1996 en þá voru þrír fyrstu áfangar hússins tilbúnir til notkunar. Fjórða áfanga var lokið í árslok 1999 og var húsið þá fullbyggt.
Skólameistari, Eygló Eyjólfsdóttir, var ráðinn til starfa haustið 1995 og var í embætti næstu ár. Árið 2001 tók Ólafur Sigurðsson við. Bryndís Sigurjónsdóttir var skólameistari frá 2010 og til 2016. Síðan 1. júlí 2016 hefur Ársæll Guðmundsson verið skólameistari, að undanskildum vetrinum 2021-2022 þegar Ásta Laufey Aðalsteinsdóttir var settur skólameistari í fjarveru Ársæls.

Skólastarfið
Eygló hafði eitt ár til að undirbúa skólastarfið ásamt skólanefnd. Meðal nýjunga var fjölmenntabraut sem ætluð var nemendum sem voru óráðnir um námsval sitt og starfsnámsbrautir á sviði verslunar og félagsþjónustu. Strax í upphafi hófst kennsla í fornámi og á bóknámsbrautum til stúdentsprófs og iðnnámi á sviði málm- og bíliðna. Starfsemi sérnámsbrautar hófst einnig á fyrsta starfsári. Samstarf atvinnulífs og skólans var með nýstárlegum hætti því Fræðslumiðstöð bílgreina stýrði námi í bílgreinum og rak auk þess endurmenntun bílgreinamanna í skólanum samkvæmt sérstökum samningi til ársloka 1998 en þá yfirtók skólinn alla kennslu í bíliðnum. Borgarholtsskóli var settur í fyrsta sinn mánudaginn 2. september 1996. Nemendur voru tæplega 400 talsins og kennarar og annað starfsfólk á fimmta tug. Stöðugur vöxtur og þróunarstarf hafa einkennt starf skólans. Í dag stunda yfir 1300 nemendur nám við skólann og starfsfólk er yfir 140.
Borgarholtsskóli hefur frá upphafi gert það að stefnu sinni að stuðla að bókmennt, handmennt og siðmennt nemenda sinna. Grunngildi skólans eru: jafnrétti, sjálfsagi, náungakærleikur, sköpun og framsækni.
Borgarholtsskóli hefur einsett sér að vera leiðandi menntastofnun á þeim námssviðum sem boðið er upp á. Í náinni samvinnu við atvinnulífið og háskólastigið hefur skólinn leitast við að tryggja nemendum sínum hnökralausa leið til vinnu eða áframhaldandi náms auk undirbúnings fyrir lífið sjálft. Frá stofnun skólans hefur verið lögð rík áhersla á að Borgarholtsskóli sé fyrir alla með það að markmiði að sinna þörfum samfélags og einstaklinga sem best. Hlúð hefur verið að nýjum vaxtasprotum í skólastarfinu í góðri samvinnu við atvinnulífið og aðra hagsmunaaðila. Blómleg uppbygging starfsnámsbrauta ber þess glöggt vitni að þörfin fyrir nýbreytni og framfarir er mikil. Í þessu sambandi má nefna að Borgarholtsskóli hafði frumkvæði að uppbyggingu námsbrauta fyrir félagsliða, skólaliða, tómstundaliða og fleiri fagstéttir sem atvinnulífið og samfélagið allt hefur kallað eftir.
Borgarholtsskóli er framsækinn og lögð er áhersla á að allir fái nám við sitt hæfi. Námsframboð hefur alltaf verið fjölbreytt og er í dag boðið upp á hefðbundið bóknám, iðnnám og starfsnám, auk þess sem sérnámsbraut er við skólann. Frá hausti 2018 hafa nemendur getað valið að stunda nám á afreksíþróttasviði samhliða öðru námi en markmið sviðsins er að bjóða upp á nám sem styður við þarfir afreksíþróttafólks á framhaldsskólastigi. Flestir nemendur skólans stunda nám í dagskóla en jafnframt eru nokkrar námsbrautir í boði fyrir þá sem velja að stunda dreifnám. Dreifnám hefur lengi verið starfrækt við skólann og er það með staðbundnum lotum. Með dreifnámi leitast Borgarholtsskóli við að þjónusta sem best þá nemendur sem vegna búsetu, atvinnu, veikinda eða annarra ástæðna geta ekki stundað nám með hefðbundnum hætti í dagskóla. Dreifnám felur í sér fulla kennsluþjónustu sem þó fer ekki fram nema að litlum hluta í sjálfu skólahúsnæðinu. Grunnskólanemendur í nágrenninu hafa auk þess getað sótt listnám og nám í málmi sem hluta af vali.

Í Borgarholtsskóla er boðið upp á eftirfarandi nám:

Bíliðngreinar, kennt í dagskóla, nemendur geta útskrifast að loknu starfsnámi eða að loknu starfsnámi og stúdentsprófi.
– Bifreiðasmíði
-Bifvélavirkjun
– Bílamálun

Bóknám, kennt í dagskóla, nemendur útskrifast að loknu stúdentsprófi.
– Félags- og hugvísindabraut
– Náttúrufræðibraut
– Viðskipta- og frumkvöðlabraut

Félagsvirkni- og uppeldissvið, kennt í dagskóla og dreifnámi, nemendur geta útskrifast að loknu starfsnámi eða að loknu starfsnámi og stúdentsprófi.
– Félagsliðar
– Félagsmála- og tómstundanám
– Leikskólaliðar
– Stuðningsfulltrúar

Listnám, kennt í dagskóla, nemendur útskrifast að loknu stúdentsprófi.
– Grafísk hönnun
– Kvikmyndagerð
– Leiklist

Málm- og véltæknibrautir, kennt í dagskóla og dreifnámi, nemendur geta útskrifast að loknu starfsnámi eða að loknu starfsnámi og stúdentsprófi.
– Blikksmíði
– Rennismíði
– Stálsmíði
– Vélvirkjun

Sérnámsbraut, nemendur útskrifast að loknu fjögurra ára námi.