Stofnun Gunnars Gunnarssonar á Skriðuklaustri varð til árið 1997 þegar þáverandi menntamálaráðherra, Björn Bjarnason, staðfesti reglur fyrir stofnunina til að vinna eftir. Stofnunin fékk til afnota og umráða Gunnarshús á Skriðuklaustri í Fljótsdal, starfsmannahúsið Skriðu og 15 ha svæði umhverfis þessi hús ásamt útihúsum. Starfsemin skyldi grundvallast á gjafabréfi þeirra Gunnars skálds og Franziscu konu hans frá árinu 1948, en í því segir m.a.: „að jörðin skuli vera ævarandi eign íslenska ríkisins og hagnýtt svo til menningarauka horfi.“ Í fyrstu stjórn Gunnarsstofnunar sátu: Helgi Gíslason formaður, Guttormur V. Þormar og Sigríður Sigmundsdóttir. Skúli Björn Gunnarsson íslenskufræðingur tók til starfa sem fyrsti forstöðumaður Gunnarsstofnunar 1. október 1999 og gegnir því starfi enn. Í júní á aldamótaárinu var Gunnarshús opnað sem menningarsetur og sögustaður með sýningum, viðburðum og kaffihúsi auk þess sem áfram var rekin gestaíbúð fyrir lista- og fræðimenn í húsinu. Strax á fyrsta sumri laðaði starfsemin að sér þúsundir gesta og hefur þeim fjölgað ár frá ári allar götur síðan. Áætlað er að allt að 50 þús. manns komi nú í Skriðuklaustur ár hvert til að skoða minjar um miðaldaklaustrið á Kirkjutúni, sem grafið var upp á árunum 2000-2012, eða heimsækja sýningar í Gunnarhúsi, kynna sér sögu skáldsins eða annað sem þar ber fyrir augu. Veitingastaðurinn Klausturkaffi dregur einnig að sér margan ferðamanninn.
Gunnarsstofnun hefur frá árinu 2008 verið rekin sem sjálfeignarstofnun og starfar eftir skipulagsskrá skv. lögum nr. 19/1988. Hún vinnur í samræmi við samning við mennta- og menningarmálaráðuneyti og fær rekstrarfjármagn gegnum fjárlög og sjálfsaflafé.

Starfsemin
Starfsemin á Skriðuklaustri er margþætt en fyrst og fremst er lögð rækt við minningu skáldsins og sögu staðarins. Húsið sjálft er stærsti sýningargripurinn, hannað af þýska arkitektinum Fritz Höger og byggt árið 1939 á aðeins fáum mánuðum. Það telst vera yfir 800 fermetrar að flatarmáli og enn eitt af stærstu einbýlishúsum landsins enda byggt sem herragarðshús fyrir húsbændur og hjú. Það rúmar því vel, fjölbreytta starfsemi og mikinn gestafjölda.
Gunnarsstofnun lætur sig varða margvísleg málefni og skal samkvæmt skipulagsskrá, m.a. stunda fræðastarfsemi á sviði hugvísinda, efla rannsóknir á austfirskum fræðum og sinna alþjóðlegum menningartengslum. Stofnunin rækir hlutverk sitt eftir bestu getu og tekur m.a. þátt í alþjóðlegum samstarfsverkefnum er lúta að menningararfi og margmiðlun.

Starfsfólk
Heilsársstarfsmenn stofnunarinnar eru að jafnaði tveir en starfsmenn í móttöku gesta frá apríl til október eru allt að fjórir. Gert er ráð fyrir að starfsmönnum fjölgi áfram á næstu árum, bæði vegna lengingar á opnunartíma og aukinnar áherslu á verkefni af fræðilegum toga.