Hafnarfirði er ein allra besta höfn landsins frá náttúrunnar hendi sem gerði „Fjörðinn” að helstu verslunar- og samgöngumiðstöð Íslands og eftirsóttan fyrir erlenda kaupmenn sem hófu siglingar til landsins á 14. öld. Bæði Englendingar og Þjóðverjar voru með mikil umsvif í Hafnarfirði á miðöldum og þar var einnig stórverslun og miklar siglingar á einokunartímabilinu. Innsiglingin í Fjörðinn var greið, haldgóður botn, nóg dýpi og gott skjól. Skip gátu því legið örugg í höfninni í nánast hvaða veðri sem var.
Þegar Íslendingar tóku að byggja upp heimaverslun og fiskveiðar var Hafnarfjörður áfram lykilstaður vegna sinnar einstöku aðstöðu. Þilskip innréttinga Skúla Magnússonar fógeta voru gerð úr frá Hafnarfirði, Bjarni Sívertsen kaupmaður, kom upp öflugri þilskipaútgerð og skipasmíði í Hafnarfirði í lok 18. aldar og fyrstu íslenski togarinn Coot, var gerður út frá Hafnarfirði í byrjun 19. aldar.
Hafnarfjörður hlaut kaupstaðarréttindi 1. júní 1908 og rúmu hálfu ári síðar, 1. janúar 1909 gekk í gildi hafnarreglugerð fyrir sveitarfélagið. Með henni var lagður grunnur að hafnarframkvæmdum því tekjur af legu og annarri þjónustu runnu nú í hafnarsjóð, þar sem öll skip, 8 smálestir og stærri, áttu nú að greiða gjöld af öllu farmrýminu í hvert sinn sem þau lögðust við akkeri og aðrar festar fyrir innan línu sem afmarkaðist af Balakletti og Hvaleyrarhöfða.

Hafnarnefnd og fyrstu hafnarframkvæmdir
Sumarið 1909 var skipuð hafnarnefnd sem hóf þegar undirbúning að byggingu hafskipabryggju sem hófst í sumarbyrjun 1912. Fyrsta skipið sem lagðist að nýju bryggjunni var gufuskipið Sterling í árslok 1912. Nýja bryggjan var mikil lyftistöng fyrir bæjarfélagið og hina nýju höfn. Bryggjuhausinn var 12,4 metrar að breidd og rúmlega 58 m. langur og landálman nær 62 m. löng en dýpi við bryggjuna var tæpir 6 m. Þegar Gullfoss, fyrsta skip Eimskipafélagsins kom í fyrsta sinn til landsins vorið 1915, var nýja bryggjan í Hafnarfirði sú eina á landinu sem var nægjanlega stór fyrir skipið.
Á þeirri rúmu öld sem liðin er frá upphafi „stórskipahafnar” í Hafnarfirði hefur orðið stórfelld uppbygging hafnarmannvirkja í nánast öllum Firðinum. Íbúafjöldi í Hafnarfirði óx hröðum skrefum samhliða aukinni útgerð og fiskveiðum á fyrstu áratugum 20. aldarinnar. Togaraútgerð bæði erlendra og innlendra aðila var umfangsmikil og fljótt var mjög aukin þörf fyrir fleiri bryggjur og stærri höfn.
Árið 1930 var ráðist í byggingu nýrrar hafskipabryggju, svonefndar „Nýju bryggju”. Heildarlengd þessarar trébryggju var um 190 m. og hún átti eftir að vera helsta löndunar- og viðlegubryggju í Hafnarfirði næstu þrjá áratugina. Árið 1960 hófust framkvæmdir við nýjan viðlegukant milli gömlu trébryggjanna, svonefndur Norðurbakki. Þarna var rekið niður 173 m. stálþil með 6 m. dýpi og nokkru síðar var bakkinn lengdur um rúma 70 m. Svæðið við Norðurbakka varð aðalhafnarsvæði Hafnarfjarðar.

Norðurgarður og Suðurgarður
Til að bæta hafnarskilyrði og tryggja meira skjól í innri höfninni var ráðist í stórtækar framkvæmdir með byggingu svonefnds Norðurgarðs um 1940. Framkvæmdum var lokið 1944 en skömmu síðar seig fremsti hluti garðsins, en þykk set af jökulsilti eru þarna í sjávarbotninum. Í byrjun sjötta áratugarins var byrjað að leggja út nýjan hafnargarð sunnan megin við Fjörðinn, svonefndan Suðurgarð. Þar var jafnframt útbúin aðstaða fyrir losun olíuskipa og reist stór olíubirgðastöð á Hvaleyrarholti. Viðlegubryggja 70 m löng, svonefnt „þverker” var útbúið við garðinn en það var m.a. byggt með innrásarkerjum bandamanna frá Normandi.

Straumsvíkurhöfn
Þegar samningar voru gerðir um byggingu og rekstur álvers í Straumsvík, sunnan við Hafnarfjörð, var ljóst að byggja yrði stórskiphöfn í víkinni til að þjóna stóriðjuverinu. Framkvæmdir hófust árið 1967 og var lokið á rúmum tveimur árum, en byggður var 225 m. viðlegukantur með 12 m. dýpi og brimbrjótur utan við kantinn. Súrálsskipin sem þarna hafa lagst að bryggju undanfarin 50 ár eru mörg þau stærstu sem sigla til landsins.
Íslenska álfélagið og Hafnarfjarðarbær gerðu samkomulag um að bærinn skyldi byggja þessa nýju höfn og annast rekstur hennar, en Ísal greiddi hafnarsjóði allan kostnað við gerð hennar með jöfnum árlegum greiðslum í 25 ár. Á þeim tíma voru ekki greidd vörugjöld af aðföngum og framleiðslu, en Hafnarfjarðarhöfn annast nú allan rekstur og viðhald hafnarinnar og er hún stór hluti af rekstraumsvifum hafnarsjóðs.
Árið 1994 var ráðist í frekari framkvæmdir í Straumsvíkurhöfn með byggingu nýs hafnarbakka austanvert í víkinni. Um er að ræða 100 m. stálþilsbakka með 10 m dýpi. Þessi bakki er í dag notaður fyrir útskipun á áli og almenna gámaflutninga.

Uppbygging í Suðurhöfninni
Smábátaútgerð hefur alla tíð verið töluverð í Hafnarfirði. Í lok sjötta áratugarins var ráðist í framkvæmdir fyrir smábáta með því að koma fyrir stórri flotbryggju við Óseyri syðst í fjarðarbotninum. Var þetta fyrsta flotbryggjan sem útbúin var hérlendis og hefur dugað vel. Jafnframt var settur út varnargarður til að mynda betra skjól í smábátahöfninni, en á þeim garði var síðan byggð fiskiskipabryggja, Óseyrarbryggja, á árunum 1975-1978. Við þessar framkvæmdir færðist stór hluti af hafnarstarfseminni í Hafnarfirði yfir í Suðurhöfnina, en togarar og stærri skip voru enn með sína aðstöðu við Norðurbakkann.
Eftir umfangsmiklar rannsóknir á sunnanverðu hafnarsvæðinu var ákveðið að byggja upp framtíðarhafnarsvæði fyrir stærri skip við sunnanverðan Fjörðinn þar sem hægt var að útbúa rúmgott hafnarsvæði með uppfyllingum. Framkvæmdir við fyrsta áfanga Suðurbakka hófust árið 1980 og var lokið 12 árum síðar. Alls er bakkinn 430 m. að lengd og dýpi 8 m.
Samhliða þessum framkvæmdum var ráðist í stórfellda stækkun smábátahafnarinnar við Flensborg og settar niður flotbryggjur með viðlegu fyrir hátt í 100 báta. Þessi höfn er afar skjólgóð og eftirsótt, jafnt af eigendum fiski- og skemmtibáta, auk þess sem skútum hefur fjölgað verulega í höfninni á síðustu árum.

Landfyllingar og Hvaleyrarhöfn
Skömmu fyrir síðustu aldamót var ráðist í miklar landfyllingar utan við Suðurgarð í átt að Hvaleyri og byggður 600 m brimvarnargarður sem tryggði enn betra skjól en áður innan hafnarsvæðisins. Með þessum framkvæmdum stækkaði hafnarsvæðið í Suðurhöfninni um 22 hektara og nýr 400 metra hafnarbakki, Hvaleyrarbakki, var fullkláraður árið 2008. Þar er dýpi 10-12 metrar og heildarhafnarsvæðið í nýju Suðurhöfninni var þá orðið um 50 hektarar auk 5 hektara í Straumsvík. Samhliða þessum framkvæmdum var hafnarstarfsemin alfarið flutt af Norðurbakkanum.
Í skjóli brimvarnargarðsins var útbúin aðstaða fyrir tvær stórar flotkvíar en umfangsmikil skipasmíða- og viðgerðaraðstaða hefur ávallt fylgt hafnarstarfseminni í Hafnarfirði. Jafnframt skapaðist aðstaða fyrir stórfyrirtæki á þessu nýja hafnarsvæði fyrir bæði löndun, vörugeymslur og þjónustu við skipaflotann og Hafnarfjarðarhöfn flutti alla starfsemi sína, verkstæði og skrifstofur á nýja hafnarsvæðið.
Með tilkomu Hvaleyrarhafnar hefur aðstaða í höfninni stórum batnað til að þjónusta stærstu togskip og farmskip og umsvif í höfninni hafa aukist þrátt fyrir að heimaskipum hafi fækkað verulega á umliðnum árum.

Aukin og fjölbreytt umsvif
Hafnarfjarðarhöfn var fram eftir allri síðustu öld, fyrst og fremst þjónustuhöfn fyrir fiskiskip og togara og bærinn einn stærsti útgerðar- og fiskvinnslubær landsins. Á síðari árum hefur togaraútgerð nánast lagst af, en í staðinn hefur höfnin þróast að stórum hluta í þjónustumiðstöð fyrir innlenda togara víðs vegar af landinu og ekki síst erlend togveiðiskip sem sækja á úthafsmiðin suður og vestur af landinu. Grænlenskir og rússneskir togarar sækja mikið til Hafnarfjarðar, enda er þar fjölbreytta þjónustu að sækja, bæði hvað varðar löndun, flutninga og frystigeymslur, veiðarfæri og viðgerðir.
Landaður afli í Hafnarfjarðarhöfn hefur verið um og yfir 50 þús. tonn á ári undanfarin ár, þar af er um 80% frá erlendum togurum, en um 200 togaralandanir eru að jafnaði árlega. Umferð farmskipa hefur aukist og eru um 150 á ári, þar af um helmingur í Straumsvík. Til viðbótar eru sívaxandi komur farþegaskipa yfir sumartímann. Heildarkomur stærri skipa eru nú hátt í 400 á ári. Þá hefur þjónusta við skip sem eru til viðgerðar eða í endurnýjun verið umtalsverð á hafnarsvæðinu. Vöruflutningar um Hafnarfjörð og Straumsvík hafa farið vaxandi og verið um og yfir 1.100 tonn síðustu árin. Stærsti hluti þessara flutninga fer um Straumsvík en lausaflutningar á möl, salti og olíu og annarri stykkjavöru hefur aukist töluvert um Hafnarfjörð. Innflutningur er um 750 – 800 þús. tonn, stærsti hlutinn súrál og útfluttar vörur um 300 þús. tonn, þar af um 240 þús. í gegnum Straumsvík. Með auknum umsvifum hefur afkoma Hafnarfjarðarhafnar styrkst verulega, rekstrartekjur síðustu ár um og yfir 700 milljónir króna og góður rekstrarafgangur.
Starfsmenn Hafnarfjarðarhafnar eru nú 13 talsins sem sinna fjölbreyttum störfum, s.s. hafnsögu, skipstjórn og vélstjórn auk almennrar hafnarþjónustu, vigtun sjávarafla, öryggisgæslu og viðhaldsverkefnum á hafnarsvæði þar sem heildarviðlegubakkar telja í dag tæplega 2 km.

Framtíðarsýn og stórskipahöfn
Undanfarin ár hefur farið fram vinna við að þróa innra hafnarsvæðið við Fornubúðir og Flensborgarhöfn og tengja betur saman miðbæ Hafnarfjarðar og smábáta- og fiskihöfnina með góðu aðgengi og fjölbreyttu mannlífi. Samþykkt hefur verið rammaskipulag fyrir svæðið þar sem m.a. ný smábátahöfn er ráðgerð í nálægð við miðbæinn og opnað fyrir gönguleið með strandlengjunni allt að nýjasta hafnarsvæðinu við Háabakka þar sem Hafrannsóknarstofnun er til húsa. Hér er um metnaðarfullar tillögur að ræða sem munu gjörbreyta ásýnd og aðkomu að þessu opna hafnarsvæði og skapa um leið áhugaverð tækifæri fyrir bæði búsetu og fjölbreytta starfsemi. Þá liggja einnig fyrir mótaðar tillögur að framtíðarsýn fyrir stórskipahöfn vestan Straumsvíkur. Þar er gert ráða fyrir allt að 200 hektara hafnarsvæði og ríflega 2ja km. viðlegukanti með allt að 20 m. dýpi. Þessi framtíðarhöfn gæti þjónað stórum hluta allra siglinga til höfuðborgarsvæðisins og mætt þeirri þörf sem mun verða með tilkomu sífellt stærri skipa og kröfu um aukið landrými og greiðar samgöngur til og frá hafnarsvæði.