Jómfrúin var stofnuð árið 1996 af Jakobi Jakobssyni og eiginmanni hans Guðmundi Guðjónssyni. Jakob hafði þá nýlokið námi sem „smörrebrødsjomfru“ frá Kaupmannahöfn þar sem hann var í læri hjá hinu sögufræga veitingahúsi Idu Davidsen á Store kongensgade, sem stofnað var 1888. Jakob er fyrsti karlmaðurinn í heiminum til útskrifast með þessa menntun og bera starfsheitið Smörrebrødsjomfru og var mikið skrifað um það í dönsku pressunni á sínum tíma.

Starfsemin
Jómfrúin markaði sér strax ákveðinn sess í veitingahúsaflóru miðborgar Reykjavíkur, að mestu leyti sem hádegisveitingastaður eingöngu, en opnunartíminn var einungis til 18 á daginn. Innleidd voru mörg atriði sem annaðhvort voru ný af nálinni eða höfðu fallið í gleymskunnar dá á íslenskum veitingamarkaði. Má þar sem dæmi nefna mikið úrval ákavítis, marga síldarrétti og jólaplattann sem hefur alltaf verið vinsælasti rétturinn á aðventunni allar götur frá stofnun.
Jómfrúin hefur nú starfað óslitið í rúmlega 25 ár og fastagestir hafa haldið tryggð við staðinn allan tímann sem segir meira en mörg orð. Dönsku áhrifin eru mjög sterk enda er fátt danskara en smurbrauð. Hefðin skiptir höfuðmáli í allri framsetningu nú sem endranær, smurbrauð á að vera fallega skreytt, topphlaðið og matarmikið.
Sonur Jakobs, Jakob jr. veitir nú Jómfrúnni forstöðu ásamt bróður sínum Brynjólfi Óla og hefur gert frá 2015 eftir að hafa verið viðloðandi fyrirtækið með hléum frá árinu 2003. Staðurinn var endurnýjaður að fullu 2016, opnunartíminn lengdur í takt við tíðarandann og komu ferðamanna til landsins en auk þess var skerpt á helstu áherslum í mat drykk og menningu staðarins.