Matvælastofnun hóf störf 1. janúar 2008 þegar Landbúnaðarstofnun, matvælasvið Umhverfisstofnunar og matvælasvið Fiskistofu voru sameinuð undir einn hatti. Stofnunin starfar undir yfirstjórn atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytis. Jón Gíslason var forstjóri Matvælastofnunar frá 2008 til 2020 þegar Hrönn Ólína Jörundsdóttir tók við.

Umfang starfseminnar hefur aukist jafnt og þétt á s.l. áratugi með flutningi verkefna til Matvælastofnunar:
2010: Eftirlit með búfjárafurðum – Eftirlit með kjötvinnslum og mjólkurbúum fært frá sveitarfélögum til MAST
2011: Eftirlit með fiskvinnslum – Matvælastofnun tók yfir verkefni Skoðunarstofa í sjávarútvegi
2013: Eftirlit með dýravelferð – Stjórnsýsla og eftirlit flutt frá Umhverfisstofnun til MAST
2014: Búfjáreftirlit – Fært frá sveitarfélögum til MAST samhliða endurskipulagi eftirlits með dýravelferð
2015: Eftirlit með fiskeldi – Fært frá Fiskistofu til MAST auk verkefna sem MAST vinnur fyrir Umhverfisstofnun
2016: Búnaðarstofa – Stjórnsýsluverkefni flytjast frá BÍ til MAST
2018: Lífræn ræktun – Stjórnsýsla og eftirlit færð frá atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytinu til MAST

Vinnulag og framleiðsluferli
Matvælastofnun stundar áhættumiðað eftirlit með matvælum, dýravelferð og fóðri. Umfang eftirlitsins tekur mið af áhættunni sem fylgir hráefninu, afurðinni og framleiðsluaðferðinni og umfangi framleiðslunnar, og hve viðkvæmur markhópurinn er. Umfangið er einnig reiknað út frá frammistöðu matvæla- og fóðurfyrirtækja í eftirliti og áreiðanleika þess innra eftirlits sem þau sinna. Þetta gerir stofnuninni kleift að beita þunga eftirlitsins þar sem áhættan er mest og frammistaðan verst. Á hverju ári framkvæmir Matvælastofnun vöktun á óæskilegum efnum í matvælum og sjúkdómum í búfé.

Helstu verkefni Matvælastofnunar eru:
Matvælalöggjöf og matvælaeftirlit
Neytendavernd og fræðslumál
Heilbrigði og velferð dýra
Plöntuheilbrigði og sáðvara
Fóður og áburður
Sóttvarnir og viðbragðsáætlanir
Kjötmat og fiskeldi
Inn- og útflutningseftirlit, rekstur landamærastöðva
Yfirumsjón og eftirlit: Heilbrigðiseftirlit sveitarfélaga, heilbrigðisþjónusta við dýr
Stjórnsýsluverkefni: Lögfræði, alþjóðamál, samræming og úttektir
Mikil áhersla er á rafræna stjórnsýsla og er móttaka og vinnsla gagna orðin sjálfvirk að miklu leyti. Faraldur kórónaveiru leiddi til enn frekari aukningar á nýtingu rafrænna lausna í samskiptum og eftirliti. Verkefnin eru unnin með gildi stofnunarinnar, fagmennsku, gagnsæi og traust, að leiðarljósi til þess að stofnunin geti uppfyllt hlutverk sitt:
„Við verndum heilsu manna, dýra og plantna og aukum þannig velferð og verðmætasköpun í þágu þjóðarinnar.“

Skipulag og sérstaða
Árið 2020 var ár breytinga hjá Matvælastofnun. Atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytið gaf út nýja reglugerð um Matvælastofnun. Skipulagsbreytingar voru gerðar með sameiningu sviða og brotthvarfi búnaðarstofu til atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytisins. Nýr vefur var tekinn í notkun og stofnunin hlaut jafnlaunavottun. Síðar um árið tók nýr forstjóri við stjórnartaumunum. Nýtt skipurit var gefið út í samræmi við lög og reglugerð um Matvælastofnun. Fagsvið og stoðsvið eru undir daglegri stjórn sviðsstjóra undir yfirstjórn forstjóra, sem fer með faglega og rekstrarlega ábyrgð á stofnuninni. Yfirstjórn vinnur að áætlanagerð og samhæfingu starfa og verkefna sem stofnunin er ábyrg fyrir og annast einnig samskipti við samstarfsráð, sem starfar við stofnunina samkvæmt ákvæðum laga um Matvælastofnun. Skipuritið gerir ráð fyrir nánu og virku samstarfi milli starfseininga vegna faglegra og rekstrarlegra þátta. Þetta á jafnt við um svið, umdæmi og starfseiningu forstjóra, þar sem starfa upplýsingafulltrúi, gæða-, mannauðs- og fjármálastjóri. Umdæmisstofur eru undir stjórn yfirdýralæknis (sviðsstjóra Dýraheilsu), en daglegur rekstur þeirra er í höndum héraðsdýralækna.

Framtíðarsýn
Framtíðarsýn Matvælastofnunar er að eftirlit á landinu sé samræmt og sanngjarnt ásamt því að styðja við öfluga matvælaframleiðslu og landbúnað. Samtal eftirlitsaðila og eftirlitsþega verði virkt og að viðhorf iðnaðarins á eftirliti verði með öðrum hætti eftir fimm ár en það er í dag þar sem iðnaðurinn sjái möguleika og tækifæri í sterku, skilvirku og sanngjörnu eftirliti sem er unnið í sátt milli eftirlitsaðila og eftirlitsþega. Eftirlit hefur það að markmiði að bæta framleiðsluhætti og er styrkur fyrir öfluga matvælaframleiðslu og landbúnað og verður einnig að styðja við nýsköpun. Til að tryggja traust almennings á íslenskri framleiðslu og tryggja útflutningsverðmæti Íslands, þá er lykilatriði að eftirlitið sé framkvæmt með réttum hætti. Matvælaöryggi er forsenda öflugs og lifandi nýsköpunar í landbúnaði og matvælaframleiðslu í landinu.

Aðsetur, mannauður og starfsmannafjöldi
Aðalskrifstofa Matvælastofnunar er á Selfossi og markaðsstofa stofnunarinnar, sem annast inn- og útflutningsmál, er í Hafnarfirði. Stofnunin rekur einnig umdæmisskrifstofur og landamærastöðvar víðs vegar um landið. Fjöldi starfsmanna hefur aukist samhliða aukningu verkefna og starfa tæplega 100 manns hjá stofnuninni. Um 90% starfsmanna er með háskólapróf, einkum á sviði dýralækninga, matvæla-, næringar- og líffræði.