Náttúruminjasafn Íslands er í eigu íslenska ríkisins, eitt þriggja höfuðsafna landsins ásamt Þjóðminjasafni Íslands og Listasafni Íslands, sett á laggirnar árið 2007. Náttúruminjasafnið er fræðslu- og vísindastofnun sem er ætlað að gegna miðlægu hlutverki við miðlun þekkingar og upplýsinga um náttúrufræðileg efni og vera ráðgefandi gagnvart öðrum söfnum landsins sem sýsla með náttúruna. Náttúruminjasafnið er skilgetið afkvæmi Hins íslenska náttúrufræðifélags sem var stofnað 1889 en félagið átti og rak náttúrugripasafn á árunum 1889–1947, lengst af með stuðningi ríkisins og sýningaraðstöðu í Safnahúsinu við Hverfisgötu, en safnkosturinn var afhentur ríkinu til eignar 1947 ásamt myndarlegum byggingarsjóði fyrir nýju safnahúsi.
Árið 1951 var Náttúrugripasafn Íslands stofnað og á grunni þess árið 1965 reis Náttúrufræðistofnun Íslands, systurstofnun Náttúruminjasafnsins, sem sinnti sýningahaldi á Hlemmi frá 1967 til 2008 er sýningunni var lokað og stofnunin flutti í nýjar höfuðstöðvar í Garðabæ. Lokun sýningarinnar á Hlemmi hélst í hendur við þá ákvörðun stjórnvalda að stofna þriðja höfuðsafnið, Náttúruminjasafn Íslands, sem hefði fræðslu og miðlun með sýningahaldi að meginhlutverki.
Starfsemi Náttúruminjasafnsins er markaður rammi með sérlögum um safnið (nr. 35/2007) og safnalögum (nr. 141/2011). Meginhlutverk safnsins er að miðla þekkingu og fróðleik um náttúru Íslands, náttúrusögu, nýtingu náttúruauðlinda, náttúruvernd og tengsl náttúru landsins við umheiminn. Í því skyni stundar safnið rannsóknir, safnar munum, skráir þá og varðveitir og gengst fyrir sýningahaldi, útgáfu og viðburðum og veitir skólum fjölþætta þjónustu með öflugri safnkennslu. Þannig stuðlar Náttúruminjasafnið að auknu aðgengi almennings að náttúruarfinum, varðveislu hans og sjálfbærri umgengni við hann, sjá www.nmsi.is

Starfsemi, mannauður, verkefni
Frá stofnun Náttúruminjasafnsins hefur staða þess lengst af verið bág. Fjárheimildir fyrstu tíu árin voru naumt skammtaðar og stofnunin hafði ekki yfir eigin húsnæði að ráða, hvorki til sýningahalds né annarra starfa. Markverð breyting varð á högum Náttúruminjasafnsins seint á árinu 2018 þegar safnið opnaði sína fyrstu sjálfstæðu sýningu, Vatnið í náttúru Íslands, í Perlunni. Sýningin er rekin í samvinnu við Perlu norðursins ehf. samkvæmt afnotasamningi til 15 ára, en félagið leigir allt húsið af Reykjavíkurborg og er með eigin sýningar þar.
Á fyrstu tíu árum starfsemi Náttúruminjasafnsins var fjöldi stöðugilda aðeins 2–3, en eftir opnun sýningarinnar í Perlunni árið 2019 voru stöðugildin orðin 7,1 og 8,8 árið 2020. Fjöldi ársverka s.l. þrjú ár hefur verið 10–14. Frá vori 2020 hefur safnið haft skrifstofur að Suðurlandsbraut 24 í 310 fm leigurými og 120 fm geymslurými í Sundaborg 4.
Fyrsti forstöðumaður Náttúruminjasafnsins var dr. Helgi Torfason jarðfræðingur sem fór fyrir safninu á árunum 2007–2012. Þjóðminjavörður, Margrét Hallgrímsdóttir, var settur forstöðumaður frá vori 2012 fram á haust 2013, þegar dr. Hilmar J. Malmquist, líffræðingur var skipaður í embættið og aftur haustið 2018 til fimm ára.

Starfsemi Náttúruminjasafnsins er skipt í fjögur meginsvið: 1) Skrifstofu- og fjármál, 2) Miðlun, fræðslu og upplýsingagjöf, 3) Rannsóknir, söfnun og skráningu, 4) Forvörslu og varðveislu.
Í sýningahaldi er rík áhersla lögð á þjónustu við öll skólastig og sjá safnkennarar um móttöku hópa og fjölþætta fræðslu á staðnum. Sýningin í Perlunni hefur notið mikillar velgengni, aðsóknarmet var slegið 2019 þegar nær 200.000 gestir komu í heimsókn og sama ár hlaut sýningin mikilsverð evrópsk hönnunarverðlaun. Náttúruminjasafnið tók einnig þátt í grunnsýningunni Sjónarhorn – ferðalag um íslenskan myndheim, sem sex söfn stóðu að í Safnahúsinu við Hverfisgötu 2015-2021.
Helstu rannsóknir á vegum safnsins síðustu ár hafa beinst að líffræðilegum fjölbreytileika, vatnalíffræði, fornlíffræði og náttúrusýn Íslendinga fyrr á öldum. Náttúruminjasafnið gefur út tímaritið Náttúrufræðinginn með Hinu íslenska náttúrufræðifélagi og miðlar einnig efni á vefsetri safnsins, samfélagsmiðlum og með útgáfu bóka.

Framtíðarsýn
Á haustdögum 2020 kynnti mennta- og menningarmálaráðherra niðurstöðu greinargerðar starfshóps sem falið var að kanna fýsileika þess að staðsetja höfuðstöðvar Náttúruminjasafnsins á Seltjarnarnesi í fyrirliggjandi húsnæði Lækningaminjasafns og í Nesstofu. Meginniðurstaðan var mjög jákvæð. Seltjarnarnes er talinn kjörinn framtíðarstaður fyrir Náttúruminjasafnið vegna mikillar nálægðar við náttúruna og merkilegra fornleifa á svæðinu, og bygging Lækningaminjasafnsins ásamt nýtingu Nesstofu talin henta að mörgu leyti vel fyrir starfsemina. Jafnframt eru fyrir hendi áhugaverðir stækkunarmöguleikar á húsi Lækningaminjasafnsins og möguleikar á nýtingu húsnæðis í eigu Seltjarnarnesbæjar á svæðinu, fræðasetrinu í Gróttu. Að mati starfshópsins gæti núverandi bygging Lækningaminjasafnsins, um 1360 m2, verið tilbúin undir starfsemi Náttúruminjasafnsins á um tveimur árum. Stefnt er að því að hefja framkvæmdir í ársbyrjun 2021.
Bygging glæsilegs Náttúruhúss á Nesinu fyrir höfuðstöðvar Náttúruminjasafns Íslands yrði mikil lyftistöng fyrir náttúruvísindi og safnastarfsemi í landinu. Fyrirtaks aðstaða til fræðslu og miðlunar í náttúrufræðum og umhverfismálum hefur aldrei verið brýnni en nú á tímum staðbundinna og hnattrænna umhverfisáhrifa af völdum manna. Þekking og skilningur á náttúrunni, undrum hennar og gangverki er forsenda fyrir sjálfbærri sambúð manns og náttúru, jafnt fyrir okkur sem komandi kynslóðir.