Náttúrustofa Norðausturlands er ein af átta náttúrustofum sem staðsettar eru víðsvegar um landið. Hún var stofnuð þann 27. ágúst 2003 og opnuð formlega 10. ágúst 2004 og er rekin af sveitarfélögunum Norðurþingi, Skútustaðahreppi og Tjörneshreppi samkvæmt samningi við umhverfis- og auðlindaráðuneytið. Rekstur hennar byggir á tekjum sem uppruna eiga í opinberum grunnfjárveitingum, samningsbundnum verkefnastyrkjum og útseldum þjónustuverkefnum. Stjórn Náttúrustofunnar er skipuð þeim Margréti Hólm Valsdóttur stjórnarformanni og Bjarna Páli Vilhjálmssyni skipuðum af Norðurþingi og Jóhönnu Katrínu Þórhallsdóttur skipaðri af Skútustaðahreppi.
Náttúrustofan er staðsett á Húsavík, með starfssvæði frá Ólafsfirði í vestri og austur á Langanes. Hún starfar innan veggja Þekkingarsetursins á Húsavík, sem staðsett er að Hafnarstétt 3 en þar starfa einnig Þekkingarnet Þingeyinga, Rannsóknasetur Háskóla Íslands á Húsavík og Heilbrigðiseftirlit Norðurlands eystra.

Starfsemin
Náttúrustofan sérhæfir sig í rannsóknum á fuglum ásamt almennri dýravistfræði en einnig tekur hún að sér ýmis þjónustuverkefni, t.d. náttúrufarsúttektir og ráðgjöf. Meðal fuglarannsókna sem unnið var að árið 2020 voru sjófuglarannsóknir mest áberandi, líkt og mörg undanfarin ár. Rannsóknirnar eru nokkuð víðtækar og beinast að stofnþróun nokkurra tegunda sjófugla, fæðuvistfræði þeirra, svæðanotkun bæði á varptíma og utan hans og mengunarálagi (plasti og kvikasilfri). Rannsóknir þessar eru unnar í samstarfi við fjölmarga aðila, bæði innlenda og erlenda. Aðrar fuglarannsóknir árið 2020 snéru helst að stofnvöktun vatna- og mófugla í Þingeyjarsýslum en þær rannsóknir eru unnar fyrir umhverfis- og auðlindaráðuneytið og hafa verið hluti af starfsemi Náttúrustofunnar allt frá árinu 2004.
Samhliða vöktunarrannsóknum á fuglum hóf Náttúrustofan snemma að fylgjast með vatnalífi í nokkrum lífríkum láglendisvötnum fyrir botni Skjálfanda og Öxarfjarðar. Þeim rannsóknum var í upphafi ætlað að styðja við vöktun vatnafugla og hafa staðið óslitið í fjölmörg ár. Vöktun fiðrilda er annað verkefni sem lengi hefur verið meðal árlegra verkefna Náttúrustofunnar en það tengist vöktun á landsvísu sem er samstarfsverkefni Náttúrufræðistofnunar Íslands og náttúrustofa ásamt fleirum.

Þjónusturannsóknir hafa frá upphafi verið áberandi í starfsemi Náttúrustofu Norðausturlands og spanna þær nokkuð vítt svið þó flestar hafi þær tengst fuglum og fyrirhuguðum framkvæmdum, s.s. byggingu háspennulína, vegagerð og orkuframleiðslu. Auk fuglarannsókna hafa gróðurrannsóknir og rannsóknir á vatnalífi verið nokkuð áberandi í gegnum tíðina. Árið 2020 voru þjónusturannsóknir unnar á öllum þessum sviðum en sumar þeirra ná til lengri tíma sem hluti vöktun tiltekinna svæða. Má þar t.d. nefna vöktun gróðurfars og vatnalífs á háhitasvæðum í Suður-Þingeyjarsýslu sem unnin er fyrir Landsvirkjun og vöktun blaðgrænu í tengslum við fiskeldi í Lónunum í Kelduhverfi sem unnið er fyrir Rifós hf.
Árið 2020 fór af stað nýtt og nokkuð umfangsmikið verkefni á Náttúrustofunni sem snýr að vöktun náttúruverndarsvæða, með sérstakri áherslu á álag af völdum ferðamanna. Verkefnið er hluti stærra verkefnis á landsvísu sem náttúrustofur landsins sinna í samstarfi við Náttúrufræðistofnun Íslands, Umhverfisstofnun og Vatnajökulsþjóðgarð. Náttúrufræðistofnun hefur umsjón með verkefninu á landsvísu en náttúrustofurnar sjá um vöktun á sínum starfssvæðum.

Mannauður
Árið 2020 störfuðu fimm fastráðnir starfsmenn hjá Náttúrustofunni auk eins sumarstarfsmanns. Fastráðnir starfsmenn voru: Þorkell Lindberg Þórarinsson líffræðingur (M.Sc.) hefur starfað sem forstöðumaður Náttúrustofunnar frá því hún hóf starfsemi 2003.
Sesselja Guðrún Sigurðardóttir líffræðingur (B.Sc.) hefur starfað hjá Náttúrustofunni frá 2004.
Aðalsteinn Örn Snæþórsson líffræðingur (M.Sc.) og kennari hefur starfað hjá Náttúrustofunni frá 2006. Sigþrúður Stella Jóhannsdóttir líffræðingur (M.Sc.) hefur starfað hjá Náttúrustofunni frá 2008. Yann Kolbeinsson líffræðingur (B.Sc.) hefur starfað hjá Náttúrustofunni frá 2009.