Skóli Ísaks Jónssonar ses. (Ísaksskóli) er sjálfseignarstofnun sem sinnt hefur menntun yngstu nemenda grunnskólans og elstu barna leikskólans í 94 ár, frá stofnun hans 1926. Skólinn fer í öllu að grunnskólalögum og því er Aðalnámskrá grunnskóla það leiðarljós sem fylgt er við gerð skólanámskrár. Skólinn er fyrir 5 ára börn og nemendur 6-9 ára bekkja. Fjöldi nemenda í hverjum bekk er að jafnaði 17-21. Frístundaheimili Ísaksskóla er fyrir alla grunnskólanemendur skólans og er bekkurinn þétt setinn, þar sem tæplega 200 nemendur eru í leik og starfi alla daga vikunnar frá skólalokum á daginn, kl. 17:15.
5 ára deild Ísaksskóla er rekinn sem leikskóladeild og þar eru um 80 börn að leik og starfi.Skólahluti 5 ára deildar er frá kl. 8:30-13:25 alla daga og eftir það tekur Sólbrekka við, sem er leikskóladeild 5 ára barna, til kl. 17:15.

Markmið
Það er meginmarkmið Ísaksskóla að vera ávallt í fremstu röð grunnskóla í landinu á yngsta aldursstiginu. Nemendur í 4. bekk hafa almennt staðið sig vel á samræmdum prófum og frá upphafi verið vel yfir landsmeðaltali. Skólinn leggur mikinn metnað í kennslu í íslensku og stærðfræði. Auk þess er lögð rík áhersla á tónlist, myndlist, íþróttir og útiveru. Enska er kennd frá 5 ára aldri og spænska frá 6 ára aldri. Í skólanum er lögð mikil áhersla á söng. Nemendur læra nýja söngtexta í hverri viku. Söngurinn styður vel við lestrarnám barnanna, eykur málskilning þeirra og orðaforða. Samsöngur nemenda í sal skólans er tvisvar í viku og eru foreldrar ávallt velkomnir.

Stefna
Í skólanum eru heilbrigðir lífshættir hafðir að leiðarljósi. Lögð er áhersla á jákvætt lífsviðhorf og að styrkja sjálfsmynd barnanna. Stefna skólans er að mæta börnunum þar sem þau eru stödd og markvisst leiða þau áfram í átt til aukinnar færni og þroska. Faglegur metnaður er í fyrirrúmi í skólastarfinu. Í skólanum er lögð áhersla á að kenna nemendum markviss og öguð vinnubrögð og að þeim líði vel í sínu vinnuumhverfi.
Ísaksskóli er starfræktur í um 2.000 fm. skólahúsnæði í Bólstaðarhlíð 20 sem skiptist í aðalbyggingu og tvær samtengdar færanlegar kennslustofur á lóð skólans. Ísaksskóli hefur verið í hópi framúrskarandi fyrirtækja Creditinfo á hverju ári frá 2018 til 2021.

Rekstur, stjórnendur og starfsfólk
Rekstur Ísaksskóla byggist á lögbundnum framlögum frá sveitarfélögum og skólagjöldum frá foreldrum. Skólastjóri er jafnframt framkvæmdar-, fjármála-, gæða- og starfsmannastjóri.
Stjórn Ísaksskóla skipa Páll Harðarson formaður, Jóhann Örn Þórarinsson og Herdís Þórsteinsdóttir. Varamenn í stjórn eru Jónas Þór Guðmundsson, Árni Sigurðsson og Lára Jóhannesdóttir. Skólastjóri Ísaksskóla frá árinu 2009 er Sigríður Anna Guðjónsdóttir. Starfsmenn Ísaksskóla eru 54 í 42 stöðugildum. Kennarar skólans eru 26 og annað starfsfólk 28.
Skólaráð
Skólaráð Ísaksskóla skipa: Sigríður Anna Guðjónsdóttir skólastjóri, Þóra Elísabet Kjeld fulltrúi kennara, Matthías Guðmundsson fulltrúi kennara, Þröstur Gunnar Sigvaldason fulltrúi starfsfólks, Anna María Guðnadóttir fulltrúi foreldra, Harpa Helgadóttir fulltrúi grenndarsamfélagsins. Varamenn eru Hugrún Tanja Haraldsdóttir fulltrúi kennara og Jón Þór Einarsson fulltrúi foreldra.

Umhverfis- og persónuverndarstefna
Ísaksskóli starfar eftir metnaðarfullri umhverfisstefnu og samkvæmt gildandi persónuverndar-lögum. Nefndir skólans hafa ólík hlutverk og misjafnt hvenær og hversu oft þær funda. Hver nefnd fyrir sig skipuleggur þau verkefni sem fyrir liggja og ber ábyrgð á að upplýsa starfsfólk skólans þegar það á við. Nefndirnar eru þemanefnd, umhverfisnefnd, útileikjanefnd, jafnréttisnefnd, teymi gegn einelti, innra mats teymi, skemmtinefnd og bókasafnsnefnd. Einnig starfa ýmis teymi tengd náminu. Þau eru: tungumálateymi, íþróttateymi, verkgreinateymi, átthagafræðiteymi, upplýsingatækniteymi, sérkennsluteymi, tónlistarteymi, íslenskuteymi og stærðfræðiteymi.