Með stofnun Vatnajökulsþjóðgarðs varð Vatnajökull, áhrifasvæði hans ásamt stökum náttúruverndarsvæðum sameinuð í eina heild. Markmið með stofnun þjóðgarðsins er að vernda landslag, lífríki, jarðmyndanir og menningarminjar svæðisins og gefa almenningi kost á að kynnast og njóta náttúru þess og sögu. Stórt verkefni þjóðgarðsins er að auðvelda  almenningi aðgengi að þjóðgarðinum eftir því sem unnt er án þess að náttúra hans spillist og veita fræðslu um náttúru, sögu og mannlíf. Einnig er sérstakt markmið þjóðgarðsins að styrkja byggð og atvinnustarfsemi í nágrenni hans.
Vatnajökull er stærsti jökull Evrópu. Flatarmál hans er um 7.800 km2 og ísinn víðast 400–600 m þykkur en mest um 950 m. Undir jökulísnum leynast fjöll, dalir og hásléttur. Þar eru líka virkar megineldstöðvar. Bárðarbunga er stærst þeirra en Grímsvötn sú virkasta. Hæst nær jökulhettan rúma 2.000 m yfir sjó en jökulbotninn fer lægst 300 m niður fyrir sjávarmál. Að frátöldum Mýrdalsjökli er úrkoma hvergi meiri á Íslandi en á sunnanverðum Vatnajökli né afrennsli meira til sjávar. Svo mikill vatnsforði er bundinn í Vatnajökli að það tæki vatnsmestu á Íslands, Ölfusá, rúm 200 ár að bera hann fram.

Dettifoss. / Ljósm. Guðmundur Ögmundsson.

Sérstaða
Landslag umhverfis Vatnajökul er fjölbreytilegt. Norðan hans er háslétta afmörkuð af vatnsmiklum jökulám. Yfir henni gnæfa eldstöðvarnar Askja, Kverkfjöll og Snæfell og móbergsstapinn Herðubreið, drottning íslenskra fjalla. Í fyrndinni skáru mikil hamfarahlaup Jökulsárgljúfur í norðanverða hásléttuna. Efst í gljúfrunum dunar nú hinn kraftmikli Dettifoss en utar má finna formfagra Hljóðakletta og hamraskeifuna Ásbyrgi. Víðfeðm heiðalönd og votlendi einkenna svæðið við Snæfell næst jöklinum austanverðum. Þar eru mikilvæg búsvæði hreindýra og heiðagæsa. Sunnan Vatnajökuls eru háir og tignarlegir fjallgarðar einkennandi og milli þeirra fellur fjöldi skriðjökla niður á láglendið. Syðst trónir megineldstöðin Öræfajökull og hæsti tindur landsins, Hvannadalshnjúkur. Í skjóli jökulsins er gróðurvinin Skaftafell og þar vestur af svartur Skeiðarársandur, sem tíð eldgos og jökulhlaup úr Grímsvötnum hafa skapað.
Vestan Vatnajökuls einkennist landslag líka af mikilli eldvirkni. Þar urðu tvö af stærstu sprungu- og hraungosum jarðar á sögulegum tíma, Eldgjárgosið 934 og Skaftáreldar í Lakagígum
1783-1784. Norðvestan jökuls liggur Vonarskarð, litríkt háhitasvæði og vatnaskil Norður- og Suðurlands.

Herðubreið. / Ljósm. Júlía Björnsdóttir.

Skipulag
Stjórnunar- og verndaráætlun (s&v) er aðalstjórntæki þjóðgarðsins og verkfæri til stefnu-mótunar. Í áætluninni er sett fram stefna um Vatnajökulsþjóðgarð, náttúruvernd, útivist og byggðaþróun. Stefnan var mótuð í samráði við fjölmarga hagsmunaaðila. Hún snertir á ótal atriðum sem snúa að verndun og nýtingu gæða þjóðgarðsins. Einnig gerir stefnan því skil hvernig nýta megi sem best tækifærin sem verða til vegna stofnunar þjóðgarðsins, styrkja það sem fyrir er en jafnframt skapa ný. Stjórnunar- og verndaráætlun er samkvæmt því ætlað að vera stefnumótandi áætlun sem stjórnendur Vatnajökulsþjóðgarðs styðjast við þegar ákvarðanir um stjórnun og skipulag þjóðgarðsins eru teknar.
Eins og við á um aðrar skipulagsáætlanir er annar megintilgangur stjórnunar- og verndar-áætlunar sá að vera hluti af lýðræðislegu ferli sem leiðir til niðurstöðu um stjórnun þjóðgarðsins, innan ramma laganna og í samráði við almenning og hagsmunaaðila. Þetta birtist m.a. í aðkomu svæðisráða að mótun s&v og skyldu til að bera tillögur undir almenning áður en s&v eða breytingar á henni eru staðfestar af ráðherra.
Opin birting áætlunarinnar á vef þjóðgarðsins gefur öllum færi á að kynna sér hana.
Aðalskrifstofa þjóðgarðsins er til húsa í Garðabæ og reikningshaldi er sinnt í Fellabæ. Þjóðgarðurinn rekur nú fimm gestastofur. Þær eru: Gljúfrastofa í Ásbyrgi, Snæfellsstofa á Skriðuklaustri, Gamlabúð á Höfn í Hornafirði, Skaftafellsstofa í Skaftafelli og Skaftárstofa á Kirkjubæjarklaustri, sem rekin er í húsnæði og samvinnu við Skaftárhrepp, þangað til ný verður byggð. Yfir sumartímann teygir starfsemi þjóðgarðsins sig vítt um garðinn en á veturna, þegar hálendinu er lokað, einskorðast hún við færri staði.

Starfsstöðvar Vatnajökulsþjóðgarðs.

Starfsemi Vatnajökulsþjóðgarðs er dreifð og skiptist garðurinn í fjögur rekstrarsvæði. Svæðin eru kennd við höfuðáttirnar og á hverju svæði er þjóðgarðsvörður sem annast daglegan rekstur. Norðursvæðið skiptist í tvo hluta og þar eru tveir þjóðgarðsverðir.
Hjá Vatnajökulsþjóðgarði starfar samheldinn hópur starfsmanna með fjölbreytta reynslu, sem sinnir margvíslegum verkefnum tengdum náttúruvernd og þjónustu við gesti þjóðgarðsins. Að staðaldri eru tæplega 30 manns við starf hjá þjóðgarðinum en yfir sumartímann fer starfsmannafjöldi yfir 100. Meginstarfsstöðvar eru í Ásbyrgi, Mývatnssveit, Skriðuklaustri/Fellabæ, Höfn í Hornafirði, Skaftafelli og Kirkjubæjarklaustri auk miðlægrar skrifstofu á Urriðaholti í Garðabæ. Krafturinn á bak við þjóðgarðinn liggur ekki einungis í einstakri náttúru, heldur einnig í kröftugu og ánægðu starfsfólki.
Fyrir hvert rekstrarsvæði þjóðgarðsins er skipað sex manna svæðisráð sem í sitja þrír fulltrúar tilnefndir af hlutaðeigandi sveitarfélögum og þrír fulltrúar frá félagasamtökum. Formenn hvers svæðisráðs taka sæti í stjórn þjóðgarðsins auk formanns og varaformanns skipuðum af ráðherra og fulltrúa náttúruverndarsamtaka. Útivistar- og ferðamálasamtök tilnefna hvor sinn áheyrnarfulltrúa. Framkvæmdastjóri þjóðgarðsins annast daglegan rekstur í umboði stjórnar, þ.m.t. starfsmannamál, framfylgir ákvörðunum hennar og ber jafnframt ábyrgð á fjárreiðum og rekstri starfseminnar í samræmi við skyldur forstöðumanns ríkisstofnunar.

Einstök náttúra og heimsminjaskrá
Náttúra og menningarsaga Vatnajökulsþjóðgarðs er einstæð á heimsvísu. Náttúran mótast af mikilli eldvirkni á Mið-Atlantshafshrygg og loftslagi á mörkum hlýrra og kaldra strauma í hafi og lofti. Ísland varð til við eldsumbrot og á það settist Vatnajökull, mesta jökulbreiða Evrópu.
Vatnajökulsþjóðgarður var tilnefndur og skráður á heimsminjaskrá 2019 fyrir náttúruminjar undir áttunda viðmiði (criteria viii) sem kallar á að viðkomandi staður sé einstakt dæmi um mikilvægt stig í þróun jarðarinnar. Svæðið er því viðurkennt sem einstakt á heimsvísu vegna samspils elds og íss sem hefur leitt til stórbrotinnar náttúru og fjölbreyttra fyrirbæra.
Stjórnvöld í hverju landi tilnefna staði á heimsminjaskrá. Guðmundur Ingi Guðbrandsson, umhverfis- og auðlindaráðherra og Lilja Alfreðsdóttir, mennta- og menningarmálaráðherra, undirrituðu tilnefningu Vatnajökulsþjóðgarðs fyrir hönd íslenska ríkisins hinn 28. janúar 2018 og var tilnefning send inn til skrifstofu heimsminjasamningsins í lok þess mánaðar. Undirbúningur vegna tilnefningarinnar hófst síðla árs 2016 er Snorri Baldursson var ráðinn sem verkefnastjóri og sérstakri verkefnastjórn falið að stýra vinnu við tilnefninguna í samræmi við reglur UNESCO. Í tilnefningunni er áhersla lögð á rekbeltið, heita reitinn undir landinu og eldstöðvakerfi í gosbeltunum ásamt samspili elds og íss sem talið er einstakt á heimsvísu. Umsókn Vatnajökulsþjóðgarðs fékk því nafnið Samspil elds og íss.

Nánar tiltekið er Vatnajökulsþjóðgarður kominn á heimsminjaskrá í fyrsta lagi vegna samspils flekaskila, möttulstróks og hveljökuls sem skapar einstök átök elds og íss. Ferlarnir sem um ræðir eru skorpuhreyfingar, eldvirkni, og jöklunarferlar. Viðlíka samspil þessra ferla er hvergi þekkt í veröldinni á þessum tímapunkti jarðsögunnar. Fjölbreyttar afurðir ferlanna eru greinilegar á yfirborði og fæstar þeirra finnast á öðrum heimsminjastöðum. Sem dæmi má nefna sprungur og misgengi (d. Heljargjá), móbergshryggi (d. Fögrufjöll) og stapa (d. Herðubreið) sem verða til við gos undir jökli – hryggir við gos á eldsprungum, stapar við gos úr einu gosopi, gígaraðir (d. Lakagígar) og dyngjur (d. Trölladyngja) sem verða til við sambærileg gos undir berum himni, auk jökulhlaupa og virkra jökulsanda. Í öðru lagi er Vatnajökulsþjóðgarður kominn á heimsminjaskrá vegna samspils loftslags og jökulíss og margvíslegra afurða þess – jöklalandslagsins – sem er óvenju fjölbreytt og aðgengilegt við jaðra fjölmargra skriðjökla þjóðgarðsins (d. jökullón, jökulker, jökulgarðar). Því er óhætt að segja að Vatnajökulsþjóðgarður sé einstök kennslustofa fyrir áhrif hamfarahlýnunar á jökla heimsins.
Flekaskil Ameríkuflekans og Evrasíuflekans, Mið-Atlantshafshryggurinn, ganga í gegnum endilangt landið frá Reykjanesi til Öxarfjarðar og þar með talið um norðvestanverðan Vatnajökulsþjóðgarð á u.þ.b. 200 km kafla. Flekaskilum fylgir eldvirkni. Undir flekaskilunum miðjum, þar sem nú er Bárðarbunga, er möttulstrókur úr iðrum jarðar sem veitir heitri kviku til yfirborðs og eykur á eldvirknina. Eldvirkni er því óvenjumikil á Íslandi öllu og ekki síst í Vatnajökulsþjóðgarði sem hýsir tvær af fjórum virkustu eldstöðvum landsins, Grímsvötn og Bárðarbungu. Yfir hluta af eldvirkasta svæði landsins – og sjö megineldstöðvum – liggur Vatnajökull sem varð til á Nútíma (sl. 6000 árum eða svo) og er óðum að skreppa saman. Áður, á 2,7 milljón ára tímabili ísaldar, breiddust samfelldir jökulskildir aftur og aftur yfir svæðið á kuldaskeiðum en hurfu alveg eða að mestu á hlýskeiðum. Vatnajökulsþjóðgarður er því ekki aðeins mótaður af núverandi átökum elds og íss heldur nær þessi átakasaga næstum þrjár milljónir ára aftur í tímann.